Workshop on Atlas Informatics

2012/06/10 5:18 に BReNt Site-Editor が投稿   [ 2012/06/14 6:10 に更新しました ]

スコットランドの古都エジンバラで 2012年5月15-16日の2日間、開かれました。
ウェブサイトでの紹介・プログラム等はこちら
http://www.macs.hw.ac.uk/~ab/atlasinf2012/ 
その後続いて18日まで、INCF Digital Atlasing Task Force Meeting があり、
タフな1週間でした。

前日にパリ・シャルルドゴール空港に9時間足止めされ、ラゲッジは当日15日早朝に届くというアクシデントがありましたが、
(余談ですが、羽田からの深夜出発便は、CDG到着ターミナル変更が多いとのこと、乗継時間に余裕がないと、危険です)
4日間で3つのプレゼンと質問攻めのラボツアーを、何とか持ちこたえました。


Organizer はMRC Human Genetic Unit  Prof. Richard Baldock と Dr. Albert Burger.
彼らのマウス エンブリオ アトラス データベースEMAPは、16年間継続されていて、その堅実な維持・発展ぶりは、まさに連合王国(UK)の名にふさわしいものです。世界中から良い研究対象・方法論を捜してきて、アトラスに統合して発展しています。

BReNt-が広めようとしているTranscriptome Tomography 法を使った遺伝子発現図譜作成に、Richard はいち早く注目して、今回Workshopに招いて、講演の機会を与えてくれました。大変光栄なことで、感謝しています。

Workshopでの講演は、
とても好意的に受け止められました。心配した解像度についても、サンプリングを増やせば解決するというポジティブな意見が多く、精度はこの程度でも共通空間への統合でさらに解析の幅が広がること、詳細解析にはAllen Brain Atlasやその他ISHデータでよいが、全体を俯瞰して、遺伝子発現相互の関係を見るにはTT法が最適といったコメントがありました。いずれにしても、網羅的測定のコストを下げる努力は必要で、そのためにAtlas Informatics が使えるのではという提案がありました。また、transformationの専門家からは、WHSへのregistration programのカスタマイズが必要という意見がでました。この点にについては、INCFでも検討してゆきます。                                                                                  
                              

講演で印象に残ったのは、                           
Large Deformation Atlas Registration; Dr Bill Hill (MRC Human Genetics Unit, UK);
CS14-TS17(mouse-human) Inter-Atlas Mapping (Movie 1) は必見です!
これらのmovie をみると、種の異なる図譜間での比較に説得力がでます。         

エジンバラの食事はおいしかったし、
今後の研究活動の糧になるお土産を持って帰れました。

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